حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی به‌‌مناسبت ارتحال علامه مصباح یزدی تصریح فرمودند: خدمات ایشان در تولید اندیشه‌ دینی و نگارش کتب راه‌گشا، و در تربیت شاگردان ممتاز اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه‌ میدان‌هایی که احساس نیاز به حضور ایشان می شد، حقاً و انصافاً کم‌نظیر است.؛

رهبر معظم انقلاب اسلامی فرمودند: مسئولان نباید این اتحاد و هم‌صدایی مردم را از بین ببرند و ملت را تکه‌تکه کنند، بلکه باید هر سه قوه بویژه رؤسای آنها با هم‌افزایی و همکاری، اتحاد ملی را روز به‌روز تقویت کنند.؛

رهبر انقلاب با اشاره به ترور شهید فخری زاده تاکید کردند: دو موضوع مهم را همه دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه‌ی بخشهایی که وی بدان‌ها اشتغال داشت.؛